Pełnił liczne funkcje akademickie, m.in. Zastępcy Dyrektora Instytutu Geografii, Prodziekana Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UJ, Dyrektora Instytutu Geografii oraz Dziekana Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UJ. Był twórcą jedynego w Polsce i drugiego w Europie Zakładu Geografii Religii. Był inicjatorem i wieloletnim redaktorem czasopisma „Peregrinus Cracoviensis” (1995–2016). Jako nauczyciel i uczony ukształtował drogi naukowe wielu krakowskich geografów, jest autorem ponad 450 prac naukowych, w tym blisko 30 książek. Prof. Jackowski rozpoczął swoje badania w bardzo trudnym okresie, kiedy poruszanie zagadnień religijnych, tym bardziej w aspekcie naukowym, było nie tylko mało popularne, ale wręcz niemile widziane. Zjawiska religijne w ustroju komunistycznym chciano postrzegać jako pewien relikt, zabobon, formę przestarzałej dewocji. Wbrew takim poglądom już na początku lat 80. prof. Jackowski prowadził w Instytucie Geografii wykłady poświęcone geografii pielgrzymek.
Prof. Antoni Jackowski został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (2002), Srebrnym Medalem "Plus Ratio Quam Vis" (2015), Srebrnym Medalem „Scientiae et Tempori Futura” za działalność dla powstania i budowy Kampusu 600 lecia Odnowienia UJ (2018), Medalem im. Wincentego Pola (2020) nadawanym przez Komitet Nauk Geograficznych PAN, Medalem imienia Jerzego Kondrackiego nadawanym przez Radę Wydziału Geografii i Studiów Regionalnych Uniwersytetu Warszawskiego (2018).